Otázka zahrnutí plateb kartou do EET je zejména poslední měsíc žhavým tématem. Blíží se totiž vstup do druhé vlny elektronické evidence tržeb – k 1.březnu 2017 se do ní připojí obchodníci v maloobchodě i velkoobchodě (po hotelech a restauracích, které do ní vstoupily jako první, a to k 1. prosinci 2016). Platby kartou jsou druhou největší skupinou plateb hned po úhradách v hotovosti, proto dle finanční správy nemohou být vyloučeny z elektronické evidence tržeb.
Většina e-shopů (zejména těch malých a středních) řešila velké technické komplikace, a to otázku, jak zaevidovat do EET tržbu (a vystavit i účtenku), kterou zákazník zaplatil, ale o které obchodník ještě neví. V praxi totiž vzniká určité časové prodlení, než dojde k připsání platby od zákazníka provozovateli internetového obchodu na jeho účet a provozovatel ani není o této transakci ihned informován. Technické problémy e-shopů také souvisí s tím, že zákazníci někdy platí kartou přes různé prostředníky a platební systémy jako je PayPal nebo GoPay a i zde dochází k časovému rozdílu mezi objednávkou zboží a placením za něj. Provozovatelé e-shopů by tak nemohli splnit termín stanovený zákonem o elektronické evidenci tržeb – ten říká, že poplatník je povinen zaslat datovou zprávou údaje o evidované tržbě správci daně a vystavit účtenku tomu, od koho evidovaná tržba plyne, nejpozději při uskutečnění evidované tržby. Proto hrozilo, že poměrně velké množství e-shopů ustoupí od přijímání platebních karet či jiných on-line platebních metod právě z důvodu nemožnosti splnit podmínky dané EET. Podmínky pro e-shopy nebyly dlouho jasné, obchodníci neměli jasné instrukce k evidenci tržeb, proto byl v průběhu ledna projednán mj. i návrh, aby pod evidenci tržeb nespadaly nákupy v e-shopech v těch případech, kdy zákazník platí kartou přes internet a transakce se odehraje bez osobní účasti.
Návrh na vyloučení plateb kartou z EET bohužel neprošel, ale nakonec ve finálním rozhodnutí a posuzování plateb kartou Finanční ředitelství jistým způsobem ustoupilo. Internetové obchody budou muset v elektronické evidenci tržeb evidovat přijaté tržby až v okamžiku, kdy se o platbě dozvědí. On-line obchodník tak bude muset zaslat údaje nejpozději ve chvíli, kdy se dozví o tom, že mu platba byla odeslána z účtu zákazníka. Datovou zprávu e-shop tak odešle nejpozději v momentě, kdy dostane informaci o úspěšném ověření platby. Pokud bude zboží odesláno zákazníkovi ještě před ověřením platby, musí obchodník odeslat příslušné údaje a vystavit účtenku nejpozději v okamžiku expedice zboží.
Zajímavé je, že víceméně všechny strany Poslanecké sněmovny uznávají, že on-line platby přijaté v internetových obchodech jsou do elektronické evidence tržeb zahrnuty v podstatě zbytečně, protože prodeje v e-shopech zanechávají dostatečnou elektronickou stopu i bez EET (návrh na vyloučení plateb kartou z EET neprošel pouze o 5 hlasů). Jejich zahrnutí do EET je tak drahé jak pro obchodníky, tak pro stát. Je tedy dobře, že výsledné stanovisko alespoň přiznalo e-shopům výjimku, která lépe odráží reálnou praxi online nákupů a díky které také zaniká hrozba rušení on-line platebních metod v e-shopech.